一千年前，血月当空，空间裂缝开启，怪兽时代降临！无数怪兽，肆虐全球，就在人类即将面临着彻底灭亡的时刻，兽魂师的诞生，给全人类带来了希望的曙光，伴随着兽魂师的一代代传承和发展，人类成功创造出了新的文明秩序来对抗怪兽的入侵！
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三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
酋长马拉库达的儿子本应成为一名真正的战士，但他却完全不懂狩猎，令父亲大失所望。马拉库达独自一人进入森林，找到了神鸟叮叮，叮叮赋予他理解动物和鸟类语言的天赋。马拉库达和叮叮满载而归。小男孩并不知道，根据传统，为了部落的繁荣，必须牺牲这只神鸟。
2063年，地球进入游戏时代，少年叶昊觉醒王者账号，为了亲人逆风翻盘，越级反杀异世妖兽，征服少女收获芳心，最终成功阻止了灭世阴谋，守护家人。
