《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
这里是和风咖啡厅“鹿枫堂”。店主、负责茶水的水，负责拿铁的格雷，负责料理的世贵，负责甜点的椿。各自身怀绝技的4人经营的隐藏人气店。他们在“款待”客人的同时，偶尔还会解决客人的“烦恼”。以咖啡厅为舞台，完美的4人编织而成的真诚故事。好了，今天的客人是……？
在一栋大楼最底层甦醒的13岁少女，瑞吉儿·加德纳(レイチェル・ガードナー)，她没有任何记忆，不知道自己为何在这里，而为了回到地面，她开始试着逃出去，但是突然在她面前出现了脸上缠满绷带、拿着有如死神般的镰刀的杀人鬼。“拜托你，杀了我。”“帮我一起从这里出去吧。那样的话，我就会杀了你。”两人之间的奇妙羁绊，随着那“荒诞的约定”而逐渐加深。这里究竟是什么地方？两人为何被囚禁于此？等待着两人的命运又是如何？为了从密闭大楼逃出的抱死觉悟之行揭开了序幕。两人最终是否能够坚守约定，并且安全地逃出这栋大楼呢？
以一个有着人类、兽人、魔女、天空人等各式各样人种存在，并各自组成六个国家势力的幻想世界「雷尔姆」(Realm/レルム)作为舞台，在这个世界里，凡是伴随着绝望而死的灵魂，最后都会转生成为被称为「螺旋」(Spiral/スバイラル)的魔物，并对其他生命造成巨大的威胁;而玩家们在游戏中，将扮演一名拥有净化之....
